Kirken rummer det ældste glasmaleri i Haderslev. Det har Hertugens våben og årstallet 1569, året for stiftelsen af Hospitalskirken.
 
Udformningen af alterpartiet er usædvanligt i Danmark. Det er sandsynligvis anbragt omkring 1724 og er i barokstil. Det er sjældent, at prædikestolen er placeret oven på alteret. Dette symboliserer, at "Ordet" næsten er et sakramente i den evangelisk-luthereske lære ligesom dåb og nadver. På siden af alteret er der en tavle med indskriften W.H. 18. nov. 1872 og en vandret streg. Stregen viser, hvor højt vandet stod ved en af de største oversvømmelser i den vestlige del af Østersøen. Alterdugen er fra 1768. 
 
Kirkens granitfont er i romansk stil og stammer muligvis fra Domkirken. Den er fra den tidlige middelalder. Den har intet dåbsfad, så vandet hældes direkte i døbefonten. 
 
Skabet over døren modsat indgangen er en efterligning af en gotisk altertavle og fra omkring år 1700. Forsiden forestiller Jesu omskærelse og dåb. Det er i dag tomt, men har indeholdt de alabastfigurer, som står på alteret i Domkirken. 
 
Krucifikset er i sengotisk stil fra senmiddelalderen og ca. 55 cm højt. 
Kirkeskibet er en model af Skoleskibet "København". 
Kirkebænkene er nye, men gulvplankerne stammer fra omkring 1775.
Orglet er fra 1967 og er bygget af Brdr. Bruhn fra Årslev.