Højdepunktet i Haderslevs kirkelige historie er nok tiden omkring indførelsen af reformationen i årene omkring 1525 til 1530. Frederik I's søn Christian, som i 1534 blev Christian III, var blevet overbevist lutheraner, da han i 1521 i Worms havde overværet, hvordan Kejseren behandlede Luther, som ikke ville og ikke kunne tilbagekalde sine reformatoriske tanker. Da den unge Junker Christian i 1525 fik tildelt Haderslev og Tørning len, bosatte han sig på det nu længst forsvundne "Haderslevhus" og begyndte straks at få indført reformationen godt 10 år, før det skete i kongeriget.
 
Christian tilkaldte to teologer fra Wittenberg, hvor han havde god kontakt med Luther, og fik i 1528 udfærdiget de såkaldte "Haderslev-artikler", som i 2007 blev gjort til genstand for drøftelser med henblik på evt. nye formuleringer. Disse artikler var en del af grundlaget, da man efter reformationens endelige gennemførelse i 1536, hvor Christian var blevet Christian III, skulle fastlægge nye artikler. 
 
Haderslev er det første sted i hele Norden, hvor reformationen blev gennemført og kan derfor med rette kaldes "Nordens Wittenberg". 
 
Efter murens fald i Tyskland er der etableret venskabsforbindelse med menigheden i Slotskirken i Wittenberg og også mellem byerne Haderslev og Wittenberg.
Se hjemmesiden for Slotskirken i Wittenberg.
 
Hvert år fejres i oktober måned en reformationsgudstjeneste i Domkirken, hvor der er besøg fra venskabsmenigheden i Wittenberg.