Hovedorglet

 

Det største af disse - hovedorglet på vestgavlen - er oprindeligt bygget af Viborgmesteren Peter Carstensen i 1652. Kun øverste pulpiturs facade i bruskbarok - udført af lokale håndværkere ? er bevaret, idet selve værket, som havde 24 stemmer, blev erstattet i 1893 af et "Interimsorgel", bygget 1863 til Sct. Nicolai kirke i Hamburg af Furtwängler & Söhne. Dette orgel blev ombygget i 1932 af det verdensberømte orgelbyggeri Marcussen & Søn i Aabenraa. Ved Domkirkens hovedistandsættelse i 1941-51 blev orglet i det væsentlige nybygget af Marcussen & Søn. I 1976-77 gennemførte firmaet en omfattende ajourføring, hovedsagelig af teknisk art. Orglet, der med sine 73 stemmer og godt 5500 piber er et af Danmarks største, er internationalt kendt for sine fornemme klanglige kvaliteter. 
 

 
 

Instrumentet er delt i to hovedafdelinger: På øverste pulpitur et klassisk orgel med Hovedværk, Rygpositiv, Brystværk og Pedal med tilsammen 46 stemmer, forsynet med mekanisk traktur. Delvis forsænket bagest på underste pulpitur findes et Svelleværk på 19 stemmer og 8 selvstændige pedalregistre. Denne afdeling kan betjenes herfra ved sit eget spillebord (med 2 klaviaturer og pedalklaviatur). Hele orglet kan spilles fra hovedspille-bordets 4 klaviaturer og pedal på øverste pulpitur. 
 

 
 

Orgelfacaden udmærker sig ved meget smukke,  geometriske afbalancerede proportioner. 
På toppen af hovedorglet og de vældige pedaltårne krones  den oprindelige barokfacade (1652) af figurer af David og basunblæsende engle. 
På Rygpositivet  ses Jesu monogram samt Frederik III's og Sophie Amalies monogrammer. 
På friserne Ahlefeldts og Rantzaus våben og latinske indskriftbånd:

 

"Hver sjæl skal prise Herren",
"Hellig er den Herre Sebaoth" og
"Gud alene æren".
Sangerpulpituret fra 1653 blev ved en restaurering i 1845 flyttet fra sin oprindelige plads over det daværende vestlige korgitter og anbragtes som orglets underpulpitur. I fyldingerne ses malerier på landskabelig baggrund af de fire store og ni af de små profeter.

Se dispositioner her.